Znaleziska archeologiczne poświadczają pojawienie się pierwszych osad w okolicy ujścia Świny już 3 tys. lat p. n. e. Już od IX wieku prowadził tędy główny szlak handlowy w kierunku wschód - zachód i wodny północ- południe. Tu spotykały się interesy handlowe Słowian, Niemców i Duńczyków.

W VI - VII wieku, po wielkiej wędrówce ludów tereny Pomorza zasiedlają Słowianie. W 967 r. Mieszko przyłącza Pomorze do Polski. Następnie jest ono podporządkowane Bolesławowi I Chrobremu. Po jego śmierci uzyskuje niepodległość, aby w 1121 stać się lennem Bolesława Krzywoustego. Na prośbę polskiego władcy biskup Otto z Bambergu prowadzi tutaj misję chrystianizacyjną. W 1140 r. powstaje w Wolinie drugie po kołobrzeskim polskie biskupstwo pomorskie podległe Gnieznu.

W 1170 i 1173 na obu brzegach Świny założono gródki strażnicze zniszczone najazdem duńskim w 1177 i odbudowane w latach 1181 - 1182. W roku 1186 książe Bogusław I nadał kapitule w Kamieniu prawo połowu ryb na Świnie. W latach 1185 - 1227 Pomorze jest lennem Danii.

Pierwsza zachowana informacja o przewoźniku Teodoryku i przeprawie promowej przez Świnę pochodzi z 1230 r. Wzmianka o prawobrzeżnym Warszowie z 1256 r. Komora celna określana w dokumencie księcia Barnima I z 1261 jako "zamek nad Świną" podkreśla znaczenie ujścia Świny dla Księstwa Zachodniopomorskiego, władanego przez słowiańskich Gryfitów.. W roku 1270 książe Barnim uwolnił od opłat 12 łodzi ze wsi Karsibór, a w 1297 książe Bogusław IV zezwolił kupcom na swobodną żeglugę Świną. Pierwszy kościół zbudowano we wsi Świna w 1336 roku. Mieszkali tutaj rybacy i przewoźnicy. W roku 1399 wzmiankowany jest kościół w Karsiborze. W 1534 Sejm Stanów Pomorskich ustanawia luteranizm religią obowiązującą w Księstwie Zachodniopomorskim. W roku 1628 wojska cesarskie opanowują ujście Świny i budują umocnienia broniące dostępu na Świnę od strony morza.

24 czerwca 1630 na wyspie Uznam lądują wojska szwedzkie, radośnie witane przez mieszkańców za oswobodzenie od znienawidzonych wojsk cesarskich Wallensteina. Król Szwecji Gustaw II Adolf pięć dni spędza w Karsiborze. Kończący wojnę trzydziestoletnią (1618-48) pokój westfalski pozostawia Pomorze Szwecji do 1720r, kiedy to Prusy odkupują wyspę Wolin i Uznam za sumę 10 mln talarów w złocie.

W latach 1738-40 wobec konieczności wnoszenia wysokich opłat za przepływanie Pianą (Wolgast i ujście Piany należy do Szwecji do 1815 r.) rząd pruski postanawia umożliwić żeglugę Świną do Szczecina i rozpoczyna pogłębianie jej głównego koryta. W 1743r na północ od wioski Świna powstaje osiedle o nazwie Świnoujście, oficjalnie ogłoszone portem morskim w 1747 roku. Świnoujście uzyskuje prawa miejskie od Fryderyka Wielkiego w 1765 roku.

W trakcie kampanii napoleońskiej nastąpił zastój gospodarczy, a ludność zajęła się przemytem towarów.
W 1814 na mieliznę Świnoujścia wchodzi 14 statków, dlatego ujście Świny ujęto w latach 1818-23 w dwa kamienne falochrony. Miasto staje się portem. Powstają nabrzeża do cumowania statków. Obok portu coraz większą rolę odgrywa Świnoujście jako letnisko, do którego przybywają wczasowicze z całych Niemiec i krajów ościennych. Wkrótce miasto otrzymuje status uzdrowiska, a wybudowanie w II połowie XIX w. linii kolejowej, umożliwia wygodny dojazd bezpośrednio z Berlina.

Tutaj Teodor Fontane - znany pisarz epoki romantyzmu - umieścił akcję swej najwspanialszej powieści, a rodzina Kossaków spędzała wakacje opisane w pamiętnikach. W Świnoujściu słynna Mata Hari spotykała się z późniejszym admirałem Wilhelmem Canarisem, który wciągnął ją do niemieckiego wywiadu. Tutaj wypoczywał cesarz Wilhelm II i Wilhelm III wraz z rodziną, a później kanclerz Bismarck i Herman Gering. Bywał tutaj Aleksiej Maksymowicz Pieszkow, bardziej znany jako Maksym Gorki. W dniu 04.08.1907r. na redzie Świnoujścia spotkali się car Mikołaj II i cesarz Wilhelm II. Zastój gospodarczy na początku XX wieku powoduje ucieczkę ludności do dużych ośrodków przemysłowych na zachodzie.

W czasie II wojny światowej funkcjonuje mała stocznia, port przeładunkowy oraz baza zaopatrzenia floty wojennej (okręty podwodne, kutry). Miasto i port zostają zniszczone głównie podczas nalotów alianckich 12 marca i 16 kwietnia 1945 roku. Wtedy to zbombardowano krążownik "Lutzow" oraz liczne statki transportowe, a ilość ofiar przekroczyła 23 tysiące. Miasto poddało się Armii Czerwonej 05.05.1945r. Po zakończeniu II wojny Światowej, na mocy Układu Poczdamskiego Świnoujście zostaje najbardziej na zachód położonym portem polskiego wybrzeża Bałtyku. 29.06.1946r. na plaży odbywa się uroczystość zaślubin z morzem. Powojenny rozwój - początkowo hamowany przez militarny charakter miasta - opiera się na budowie portu handlowego oraz nowoczesnej bazy rybołówstwa dalekomorskiego i przetwórstwa rybnego "Odra". Dopiero lata 60-te umożliwiają odtworzenie i rozwój dzielnicy uzdrowiskowo - wczasowej. W roku 1968 wybudowano nowoczesny port węglowy. W latach 70-tych rozwija się budownictwo mieszkaniowe, powstaje Morska Stocznia Remontowa, modernizują się kolejne nabrzeża portowe, a promy morskie kursują do Skandynawii i Wielkiej Brytanii. Otwarta granica z Niemiecką Republiką Demokratyczną powoduje ożywienie wymiany turystycznej w rejonie wysp.
Po okresie strajków i zastoju lat 80-tych przemiany gospodarczo-polityczne w Polsce umożliwiają wyprowadzenie wojsk radzieckich ze Świnoujścia.